关联交易毕竟是关联方之间的交易，因此受利益的驱动，在交易中极易存在不公平的交易，将特定公司的利益转移到有关联关系的其他企业或个人。在这种情况下，不公平关联交易会损害国家、少数股东、债权人及公司自身的利益，对于上市公司，不公平的关联交易还将会打击投资者的信心，扰乱市场秩序，影响资本市场的发展。主要表现为：

  1、对公司的自身发展产生不利影响。对于利益输送型关联交易，虽然能够使公司在某一阶段创造或维持较好的经营业绩，中小股东似乎也从中享受到额外收益。但这种关联交易也使公司的经营丧失市场独立性而过分倚重关联企业的扶持，公司抗击外部风险能力不断衰弱甚至最终丧失。当大股东自身难保，对公司没有能力再进行扶持的时候，公司的业绩随时可能跌人低谷，甚至出现大幅亏损。更为严重的是，当控股股东大量占用公司资金，拖欠货款，利用劣质资产向公司套现，以及转移公司利润掏空公司时，对公司的生产经营将会造成致命的打击。

2、对中小投资者的利益造成侵害。中小股东对公司经营的影响很小，他们的利益也最容易受到侵害。如上市公司的母公司利用其融资套现，募集资金后又通过关联交易将资金转移出上市公司；又如母公司将其某些资产卖给上市公司而不论这些资产对其是否有利；再如为保证配股权，上市公司通过虚假销售，虚增利润编造业绩，这些都是对中小股东的欺骗和侵害。

3、非公允关联交易可能侵害债权人的利益。股份有限公司是典型的资合公司，其资产是对外承担责任的唯一保证。如果关联企业通过关联交易侵吞公司资产或利用公司为其债务担保，就会使公司资产减少或处于高风险状态，从而令债权人的债权无保障。

4、造成国家税收收入的流失。利用关联交易转移利润，这是企业避税常用的一个手段。如通过关联交易将利润从高税率企业转移至低税率企业，确保集团整体税负最低。这种行为无疑破坏了国家的税收制度，造成国家利益的流失。

5、危及证券市场的健康发展。不公平关联交易势必会打击投资者的信心，扰乱市场秩序，如果投资者受到伤害并失去信心，资本市场的发展必将受到严重的影响，这将对中国证券市场的健康、规范发展极为不利。